日本政府にとって、頭がいたい問題と思われます。

この外務省職員の現在の正確な身分と、また、日本に入国した時に使ったパスポート、旅券での身分が問題かと思います。
おそらく、日本のトルコ大使館には近づかないでしょうし。日本国内のどこかに潜伏している、ということなるのかと思います。

外交官として入国をしているのであれば、日本の官憲は身柄を確保することは困難と思われます。

トルコ政府が、この外務省職員を解雇しており、政府の関係者ではない、しかも、トルコの官憲が身柄を確保するための令状などの法的な手続きがある、と明確にされた場合は、日本の当局は、この「元」外務省職員を逮捕することができるかとは思いますが。

もし、亡命を希望した場合は、どうなるでしょうか。
日本の政府機関では対応できないと思われ、トルコ政府からの身柄引き渡し要求に屈することが予想されます。

やはり、アメリカ大使館やドイツ大使館などに逃げ込みますか？


読売新聞から

トルコ外務省職員、日本入国…政府の追及恐れ？

　トルコ外務省は29日、本紙に対し、先のクーデター未遂事件に関与したなどとして、解雇を通告した外務省職員88人のうちの1人が日本に入国したと明らかにした。

　引き渡しを日本側に求めるため、法的な手続きを開始する。
　この外交官は、ロシア西部のタタルスタン共和国にあるトルコ総領事館に勤務していた。トルコ外務省は、「トルコ政府からの追及を恐れ、日本に逃れた可能性がある」としており、情報収集を進めている。