沖縄県知事が許可を取り消した、という岩礁破砕許可の権限は、もともと、農水省からの受託事務だったそうです。
防衛省は、農水省に対して、沖縄県の取り消し決定が不当である、と、申立書を提出したそうです。

おそらく、農水省は、沖縄県の取り消し決定が不当である、として、改めて、許可を出し直すことになるでしょう。
そのあと、沖縄県側は、抵抗手段があるのでしょうか。


読売新聞から

防衛省、沖縄県へ対抗措置…農相に申立書提出

 防衛省は24日、沖縄県の米軍普天間飛行場(宜野湾市)の名護市辺野古への移設作業を巡り、翁長雄志沖縄県知事が移設作業の停止を指示し、従わない場合の岩礁破砕許可の取り消しを表明したことへの対抗措置として、関連法を所管する林農相に執行停止申立書と審査請求書を提出した。

 23日に県が沖縄防衛局に提出した指示文書の執行停止を求めるとともに、指示が法的に適切かどうかの判断を仰ぎ、適切でなければ無効にしてもらうための措置。
 岩礁破砕許可は、水産資源保護法に基づく沖縄県漁業調整規則により、知事が許可を出している。本来、国がすべきものを県に執行させている法定受託事務で、国は適切な処理を確保する必要があり、所管の農相が知事の許可や取り消しに是正を指示する権限がある。
 翁長知事は23日、1週間以内に作業を停止しなければ、許可を取り消す考えを表明しており、政府は、移設計画への影響を避けるため、早期の対応策が必要と判断した。