ニューヨークタイムスの記事に対して、抗議をしたそうです。
これは、国会で、アメリカ合衆国で使われている教科書に、南京大虐殺について言及があり、その被害者の数が40万人と書かれていることについて、自民党の稲田政調会長が質問をし、安倍首相が答えたことがあり、それについて報道したものでした。

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菅官房長官は、以下のように述べたそうです。

「旧日本軍によって南京入場後、非戦闘員の殺害、または略奪行為があったことは否定できない」


産經新聞から

首相批判の米紙に抗議 菅長官「著しい誤認」

 菅義偉官房長官は4日の記者会見で、安倍晋三首相が「南京大虐殺は起きなかった」などと主張していると批判的に報じた米紙ニューヨーク・タイムズに対して抗議したことを明らかにした。

 同紙は2日付の社説で首相批判を展開。菅氏は「首相はそのような発言をしたことはない。著しい事実誤認が含まれていると指摘し、抗議・反論を申し入れた」と説明した。
 菅氏は1937(昭和12)年のいわゆる南京大虐殺について、「政府の基本的な立場は旧日本軍によって南京入場後、非戦闘員の殺害、または略奪行為があったことは否定できないというものだ。安倍政権も全く同じ見解だ」と述べた。